Inquisición Portuguesa y Monarquia Hispânica en Tiempos del perdón general de 1605

No início do reinado de Felipe III (1598-1621, as relações entre a Monarquia Hispânica e a Inquisição Portuguesa entraram numa nova fase caracterizada por constantes desacordos. O conflito provocado pelo perdão geral que os cristãos novos solicitavam foi acompanhado por outros motivos de tensão entre a Coroa e o Santo Ofício. Deste modo, nos cinco anos que mediaram entre 1599 e 1604, sucederam¬ se quatro inquisidores gerais, a Coroa projectou a reforma do Tribunal e proibiu  se em várias ocasiões a celebração de autos de fé. Simultaneamente multiplicaram se as tensões entre a Inquisição e a Santa Sé, em resultado das apelações feitas por alguns cristãos novos ao Sumo Pontífice. Para solucionar o problema da oposição do Santo Ofício às resoluções da monarquia, Felipe III recorreu a um homem de comprovada fidelidade à Casa de Áustria. Tratava se de Pedro de Castilho, bispo de Leiria, que aceitou executar o perdão geral concedido aos cristãos novos. Assim, a partir de 1605 o Santo Ofício, sob o governo de Castilho, iniciou uma etapa de recuperação do seu poder e prestígio. Mediante a submissão aos desígnios da Coroa à colaboração com os ministros mais influentes - o Duque de Lerma, o Marquês de Castelo Rodrigo e o secretário Fernão de Matos - o novo inquisidor geral conseguiu recuperar a confiança do monarca no Santo Ofício, conseguindo substituir a reforma externa da Inquisição, que tinha sido  planeada em Valladolid, por uma reforma a partir do interior do próprio Tribunal que culminou com a reorganização do Conselho Geral e a publicação, em 1613, do novo Regime do Santo Ofício.